Metode yang digunakan Hakim dalam menyusun kitabnya adalah:
- Dengan ijtihad sendiri.
- Menerapkan sikap Tasyadud (ketat), terhadap hadis-hadis yang terkait dengan aqidah dan syari’ah Tasahul (longgar), terhadap hadis-hadis yang tekait dengan fadha’il al-‘amal, sejarah-sejarah Rasul saw dan sahabat.
Kitab al-Hakim ini termasuk kitab al-Jami’ karena memuat hadis dari berbagai dimensi, aqidah, syari’ah, akhlak, tafsir, sirah dan sebagainya.
Sistematika yang digunakan adalah dengan mengikuti model yang dipakai oleh Bukhari maupun Muslim, yaitu membahas berbagai aspek materi dan membaginya dalam kitab-kitab dan sub-subnya.