Di antara karya William Muir adalah:
- The Testimony Borne atau bahasa Yunani The Coran to Tahun Jewish and Christian Scripture.
Di dalamnya Muir menjelaskan pengakuan kaum muslim berdasarkan kesaksian al-Qur’an sendiri terhadap kebenaran kitab Suci Taurat dan Injil. - Dalam Majalah Calcuta Review tentang sejarah Nabi.
Muir menjelaskan dalam tulisannya tersebut sejarah Arab sebelum datangnya Islam, sumber-sumber kisah Nabi dan kehidupan Nabi hingga hijrahnya, yang didasarkan atas fanatisme keagamaan yang kental dan penuh permusuhan. - Versi pertama dengan judul Annals of The Caliphate (cet. I), menuliskan tentang Khulafa al-Rasyidin dan khalifah-khalifah Bani Umayyah.
- Versi kedua dengan judul ‘The Caliphate, Its Rise, Declzine and Fall’ (Cet. II).
- The Mameluke Slave Dynasty of Egypt.
- The Life of Mahomet and History of Islam, 4 jilid. London: 1859-1861. Edisi baru, Edinburgh: 1923.
- The Coran: Its Composition and Teaching (1877).
- The Mohammedan Controversy (1897).