Karya al-Saqqaf sangat banyak. Ada yang sudah dicetak dan ada yang masih berupa manuskrip. Karyanya antara lain:
Karya Manuskrip:
- إمتاع الألحاظ بتوثيق الحفاظ
- تعليقات على رسالة الإمام الكوثري
- الباهر
- إعمال المبارد في الحديد البارد
- إبطال التصحيح الواهن لحديث العاجن
- الاتحاف بأسانيد وشيوح حسن بن علي السقاف
- إرشاد الحيران لفساد قولهم في المسألة قولان
- رسالة في عدم جواز قول (عدد كلام الله)
Karyanya yang sudah dicetak:
- تناقضات الألباني الواضحات
- الأدلة الجلية لسنة الجمعة القبلية
- التنديد بمن عدد التوحيد
- القام الحجر للمتطاول على الأشاعرة من البشر
- القول المبتوت بصحة حديث صلاة الصبح بالقنوت
- تعليقات على رسالة المحدث الغماري بيني وبين الشيخ بكر
- الشهاب الناري المنقض على عدو المحدث الغماري
- بهجوة الناظر في التوسل بالنبي الطاهر
- تعليقات على كتاب المحدث الغماري
- حكم المصافحة والمس والرد على من به مس
- تعليقات على (دفع شبه التشبيه)
- البراهين الناسفة للأنوار الزائفة
- أقوال الحفاظ المنثورة في وضع حديث رأيت أبي في أحسن صورة
- الشهاب الحارق المنقض على إيقاف المتناقض!! المارق