Karya-karyanya dalam bentuk buku antara lain :
- The Authencity of The Tradition Literature
Adalah karya orisinal Juynboll yang berdasarkan berbagai sumber klasik dan kontemporer mengkaji pendapat-pendapat para teolog muslim Mesir tentang keshahihan hadis Nabi. - Muslim Tradition
Merupakan kumpulan makalah yang disampaikan pada berbagai konferensi dan seminar. Karya ini ditulis sekitar tahun 1976 – 1981 M. Dalam buku ini, Juynboll ingin membuktikan bahwa standarisasi hadis diberlakukan tidak lebih awal dari pada di penghujung abad pertama hijriyah atau ketujuh masehi. Dengan demikian, ia memilih jalan tengah antara kepercayaan orang-orang muslim kepada asal usul hadis Nabi dan pikiran para sarjana barat yang lebih awal, seperti Goldziher dan Schacht, yang berasumsi bahwa hadis telah dipalsukan secara massal. - Studies on The Origins
Diterbitkan oleh Variorum, mencakup sebelas artikel tentang hadis yang telahdipublikasikan antara tahun 1971 – 1994 M.
Artikel-artikel tersebut disusun secara kronologis sehingga secara otomatis dapat mengungkapkan perkembangan pemikiran dan ketertarikannya pada berbagai persoalan mengenai jalur-jalur periwayatan hadis, termasuk perhatiannya pada Common Link (periwayat yang menjadi titik temu bagi para periwayat lainnya).
Selain dalam bentuk buku, karya Juynboll di bidang hadis juga terdapat dalam bentuk artikel, antara lain :
- “The Date of The Great Fitna”,
- “On the Origins of Arabic Prose: Reflections on Authenticity”,
- “Shu’bah b. al Hajjaj (d.160/776) and His Position Among the Traditionists of Basra”,
- “An Excursus on The Ahl al Sunna in Connection with Van Ess, Theologie und Gesellschaft, vol.IV.”
Dalam The Encyclopedia of Islam New Edition, Juynboll juga menyumbangkan beberapa tulisan mengenai berbagai persoalan hadis serta istilah-istilah teknis dan tokoh-tokoh hadis, seperti khabar al wahid, mu’ammar, mu’an’an, munkar, mursal, mushannaf, musnad, mustamli, sunan, sunna, rijal, shahih, shalih, Raf, Nafi, ar Ramahurmuzi, ash Sha’bi, Muslim bin al Hajjaj, Ahmad Muhammad Shakir, Shu’bah bin al Hajjaj, dan al Mizzi.
Karya Juynboll di bidang lain seperti studi al-Qur’an, fiqh, dan historiografi, diantaranya adalah:
- “Review of Quranic Studies: Sources and Methods of Scriptural Interpretation by John Wansbrough”,
- “Review of The Sectarian Milieu: Content and Composition of Islamic Salvation History”,
- “Some Thought on Early Muslim Historiography”, dan
- “New Perspective in the Study of Early Islamic Jurisprudence.”
