Metodologi kitab Durrah al-Nasihin secara umum dapat dijelaskan sebagai berikut:
- 1) Kitab ini dibagi menjadi 75 bab. Pembagian bab-bab ini tidak dilakukan dengan metodologi tertentu, seperti metodologi dalam penulisan kitab fikih, Hadis, akidah, tasawuf, dan lain- lain. Pengarang kitab ini mempersiapkan kitab ini sebagai bahan pengajian yang akan dibaca pada awal bulan Ramadan. Hal ini tampak jelas pada empat bab pertama yang dikemukakan dan bab-bab terakhir. Misalnya, kitab ini dimulai dengan pembahasan mengenai bab keutamaan bulan Ramadan, kemudian disusul dengan bab tentang keutamaan berpuasa, lalu bab keutamaan ilmu pengetahuan. Kemudian penulisnya kembali mengulang bab keempat dengan menyebutkan secara khusus keutamaan bulan Ramadan.Pada akhir kitab ini, al-Khubawi menutup dengan bab-bab berikut ini: penjelasan mengenai Idul Fitri, kelebihan 10 Dhulhijjah; kelebihan malam Laylatul Qadar; kelebihan memotong kurban, dan kelebihan surat al-Ikhlas sebagai bab terakhir.
- Dalam setiap bab dimulai dengan menyebutkan ayat al-Qur’an yang sesuai dengan judul bab yang ada. Kemudian disusul dengan mengutip tafsir ayat dari Tafsir al-Baydawi.
- Jika di dalam kitab Tafsir al-Baydawi tidak disebutkan sebab-sebab turunnya ayat tersebut, maka akan dikutip dari kitab tafsir lain.
- Setelah disebutkan tafsir dan riwayat terkait sebab-sebab turunnya ayat, lalu al-Khubawi akan menyebutkan hadis mengenai kelebihan shalawat kepada Nabi Saw. Dalam beberapa bab, al-Khubawi mendahulukan penyebutan hadis mengenai kelebihan bershalawat kepada Nabi daripada penyebutan sebab-sebab turunnya ayat, seperti terlihat pada bab ke 35 dab 54.
- Setelah menyebutkan hadis mengenai keutamaan bershalawat, kemudian dilanjutkan dengan penjelasan mengenai nasihat-nasihat yang diambil dari ayat-ayat al-Qur’an dan tafsirnya, hadis-hadis, cerita-cerita, hukum fikih, dan mutiara hikmah sesuai bab yang dibahas.
- Hampir setiap masalah yang dibahas, al-Khubawi akan menyebutkan sumber rujukan dari kata-kata tersebut. Ada juga sumber rujukan yang disebutkan pada akhir setiap kutipan (metode ini paling sering dilakukan). Terkadang sebaliknya, sumber rujukan disebutkan sebelum pengutipan. Cara ini jarang dilakukan, namun jumlahnya cukup banyak.